Faza naprzemienna obejmuje produkty dozwolone w pierwszym etapie, które można wzbogacić o surowe lub ugotowane warzywa. Są to: sałata, ogórki, pomidory, szparagi, szpinak, cykoria, rzodkiewka, marchew, buraki, papryka i grzyby. Warzywa zabronione to kartofle, kukurydza, bób, groch, soczewica, ryż i karczochy.
Naprzemienność tego etapu polega na tym, że najpierw spożywa się wyłącznie produkty z fazy pierwszej, a następnie dodaje się do nich warzywa i taki rytm stosuje się aż do momentu osiągnięcia pożądanej wagi.
Czas jej trwania jest więc nieustalony, może wynieść od kilku do kilkunastu miesięcy, w zależności od ilości kilogramów, których chcemy się pozbyć. Osoby, które mają spora nadwagę, powinny stosować tę naprzemienność w stosunku 5 dni - 5 dni, natomiast proporcja dla tych, którzy chcą schudnąć tylko trochę lub mają słabszą wolę, wynosi 1 dzień - 1 dzień. Doktor Dukan twierdzi, że w fazie naprzemiennej przez okres 6 miesięcy można stracić do 20 kilogramów.